免疫球蛋白(Ig)及T细胞受体(TCR)基因重排是判断B/T淋巴细胞克隆性的重要分子标志物,在淋系肿瘤的辅助诊断、克隆追踪及微小残留病灶(MRD)监测中具有重要应用价值。与传统片段分析技术相比,NGS不仅能够判断克隆性,还可直接获得克隆特异性重排序列,为后续MRD建立个体化分子标记。
本文将结合NGS基因重排检测报告实例,对报告中的关键指标和临床判读要点进行解读。
确认报告类型
初诊筛查与MRD监测的目的不同,解读时应关注不同的重点。
• 初诊筛查报告:重点关注是否检出异常克隆,以及是否获得可用于后续追踪的特异性重排序列。
• MRD监测报告:基于初诊已确定的特异性重排序列,动态追踪同一肿瘤克隆是否持续存在、下降、转阴或再次出现,从而辅助评估治疗反应及复发风险。
确认样本及检测质量是否合格
【初诊筛查质控结果】
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【MRD监测质控结果】
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• 样本类型:骨髓优先,初诊患者使用外周血检测推荐肿瘤细胞占比≥10%;
• 核酸质控:核酸总量不足或片段化增加假阴性风险;MRD监测至少需要1μg的核酸投入量,增加核酸投入量可进一步提升检测灵敏度。
• 测序质控:测序有效reads数不足易造成低丰度克隆漏检;MRD监测比对成功reads数至少需要5M。
报告中的关键指标如何理解
以下为初诊患者Ig基因重排阳性报告示例:
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• 重排基因:即检测的靶基因,Ig包括IgH(重链)、IgK(轻链kappa)、IgL(轻链lambda);TCR包括TCRB(beta亚单位)、TCRD(delta亚单位)、TCRG(gamma亚单位)。
• 重排序列:即Ig/TCR基因V-(D)-J片段重排形成的可变区DNA序列。
• 克隆数目:表示该克隆对应的测序reads数。reads数越高,提示该克隆在样本中的相对丰度越高,但同时受测序深度、扩增效率等因素影响,不能单独作为肿瘤负荷依据。
• 克隆比例:表示该克隆reads数占对应的基因型(IGH、IGK、IGL、TCRB、TCRD、TCRG)总reads数的百分比。
• 有核细胞占比:指携带该克隆重排序列的细胞占该样本总有核细胞的百分比,可辅助评估肿瘤克隆的负荷。
异常克隆如何判定
不同检测平台、分析算法及实验室的判定标准并不完全一致,以下为本实验室NGS报告采用的主要判定指标:
• 优势克隆比例:健康个体中,一般IGH/K/L≤3%、TCRB/D≤20%、TCRG≤10%,高于该值时,提示存在克隆性增生的可能性。
• 有核细胞占比:异常克隆占全部有核细胞比例>0.2%。
• 克隆分布特征:异常克隆分布呈现不连续性,即优势克隆的比例显著高于同基因其他克隆的比例,而非连续的梯度减低。
多个重排序列中如何选择MRD的靶序列
初筛检出的异常克隆序列通常均可作为MRD候选靶标。为防范克隆演变导致的靶标丢失,实际检测中通常会纳入所有异常克隆序列进行监测。然而,若候选序列在人类免疫系统中普遍存在或在正常淋巴细胞中高频出现,因其特异性较差,极易与正常免疫重建背景混淆,则不宜作为MRD监测靶标,实验室会在报告中备注说明。
以下为复查患者MRD监测阳性报告示例:
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重点看MRD阳性/阴性状态:
1)MRD阳性:本次样本检出初诊对应的监测克隆序列,需要结合克隆比例、历史趋势、其他检查综合评估复发风险。
2)MRD阴性,无新发克隆:本次样本没有检出初诊对应的监测克隆序列,也没有发现新的克隆。多次持续阴性提示治疗效果好,但仍存在检测下限、取样偏差、克隆演变等局限,需要继续定期复查。
3)监测靶克隆阴性,检出新发克隆:原有肿瘤克隆已经清除,但出现初诊没有的新克隆。此时不能直接判定为复发,感染、免疫紊乱也可产生反应性克隆;高比例新发克隆需要警惕肿瘤克隆演变。
注意事项
1. MRD监测须以初诊样本建立基线
MRD监测必须基于初诊样本进行基线检测。无可用初诊样本时,不建议以治疗后样本替代进行基线检测,因此时鉴定不出可供追踪的肿瘤克隆的风险较高,且治疗后样本中的优势克隆未必源于肿瘤细胞,亦可能为应激反应性克隆。
2. 质控不合格时不能按阴性结果解读
若样本或测序质控不合格,应首先判断该结果是否具有可靠的临床解释价值,不能直接按阴性结果解读。
3. 克隆比例不等同于肿瘤负荷
克隆比例高并不等于肿瘤细胞绝对数量高。例如当样本中B细胞数量较少时,即使某一克隆在B细胞群体中的比例较高,其占全部有核细胞的比例仍可能较低。
4. 重排序列数量不等同于克隆数量
异常重排序列的数量并不等同于肿瘤细胞克隆的数量。例如同一B细胞克隆可存在多个Ig基因重排,因此同一样本中检出多个异常重排序列,并不一定意味着存在多个独立的肿瘤克隆。
哪些患者建议做Ig/TCR基因重排?
Ig/TCR基因重排检测主要适用于以下临床场景:
• 疑似淋系肿瘤:辅助判断B/T细胞克隆性;
• 形态或流式结果存在鉴别困难:作为克隆性证据进行补充;
• 已确诊淋系肿瘤:初诊时建立个性化MRD监测靶标;
• 治疗后随访:动态评估残留克隆及复发风险。
小 结
NGS基因重排检测,是淋巴细胞肿瘤诊断和MRD监测中重要的分子检测工具。准确解读NGS基因重排检测报告,并结合其他实验室检查与临床表现进行综合判断,对实现精准诊疗具有重要意义。
见康华美已全面开展基因重排NGS检测项目
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作者:王雪