随着测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为血液肿瘤分子诊断与治疗监测的重要工具。近日，见康华美实验室在AJCP发表研究，通过RNA-seq检出新型CDK6::CHIC2融合基因，并揭示了FISH检测PDGFRA重排假阳性结果的重要原因。
研究内容
本研究对2例MLN-TK患者采用三色PDGFRA探针进行FISH检测，结果均判定为PDGFRA重排阳性。进一步行RNA-seq验证，发现两例患者均不存在PDGFRA基因重排，真实异常为CHIC2基因融合。
• 病例1：发现新型CDK6::CHIC2融合
染色体核型分析显示t(4;7)(q12;q22)易位，提示存在PDGFRA重排；FISH证实存在PDGFRA重排。RNA-seq检出两种新融合转录本：CDK6(E5)::CHIC2(E2)（框内融合）与CDK6(E4)::CHIC2(E2)（框外融合）。同时未检测到PDGFRA重排（见下图）。
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A：核型分析显示存在t(4;7)易位；B：FISH显示存在PDGFRA 重排；C：CDK6::CHIC2融合转录本示意图:框内CDK6(E5)::CHIC2(E2)（左）与框外CDK6(E4)::CHIC2(E2)（右）。
• 病例2：ETV6::CHIC2框外融合
FISH显示85%的间期细胞存在PDGFRA基因重排，同时84%存在ETV6基因重排。RNA-seq最终证实为ETV6(E1)::CHIC2(E2) 框外融合，且未检测到PDGFRA重排（见下图）。
A：FISH分析显示存在 PDGFRA 重排；B：FISH分析显示ETV6重排；C：框外ETV6::CHIC2 融合转录本示意图。
两例患者的融合转录本均经RT-PCR和Sanger测序成功验证，同时结合NPM1突变阳性，最终诊断为“AML伴NPM1突变，同时伴有CHIC2融合”，证实RNA-seq能够准确识别FISH难以区分的真实融合事件。
研究认为，4q12区域出现FISH假阳性主要与以下三个因素有关：
①基因组结构复杂：4q12为基因组脆性位点，密集分布PDGFRA、CHIC2、GSX2等易重排基因，区域内断裂与易位发生率较高。
②探针分辨率有限：临床常用三色探针难以精准区分相邻基因的断裂重排，易将CHIC2区域重排误判为PDGFRA重排。
③荧光信号判读偏差：部分病例因信号微弱或局部缺失，容易接近判读阈值，进一步增加人工判读误差。
转录组分析显示，CHIC2 融合阳性 AML 患者存在区别于 CHIC2 融合阴性 AML 患者的独特分子表达谱。其特征性表现为细胞因子–受体相互作用及 JAK–STAT 信号通路显著富集。尽管缺乏功能性PDGFRA融合，CHIC2 邻近融合仍可能通过顺式调控机制导致PDGFRA与GSX2异常高表达，为该亚型的白血病发生及侵袭性生物学行为提供了潜在机制，并提示4q12区域PDGFRA的FISH阳性结果需结合RNA 水平的分子检测进一步确认。
此外，多项研究表明，CHIC2相关融合AML通常预后不良，中位生存期不足1年；本研究报道的CDK6::CHIC2融合病例亦表现出侵袭性的临床病程。基于融合基因的精准测序结果，可进一步建立患者个性化的监测方案，用于动态监测治疗后微小残留病灶（MRD），从而及时评估治疗反应、预警早期复发，并为调整维持或干预策略提供直接依据。
RNA-seq的核心优势
• 全面筛查融合基因
相比传统方法如FISH或PCR需预先设定目标，RNA-seq可一次性筛查所有可能的融合事件，大幅提升诊断效率。与DNA高通量测序相比，RNA-seq直接捕获表达后的融合转录本，避免DNA水平上因大量内含子区域或沉默融合导致的漏检，从而提高检测灵敏度和临床相关性，尤其适用于未知伴侣基因或复杂重排的发现。
• 精确识别断裂位点助力MRD监测
RNA-seq能精确解析融合基因的断裂位点，基于此可设计特异性引物或探针，实现对微小残留病的高灵敏度追踪。
• 分析可变剪接
RNA-seq可进行可变剪接分析，能系统性识别异常剪接模式，发现新的剪接转录本。
• 整合突变检测与表达分析的综合价值
RNA-seq可检测基因表达水平，从而揭示血液肿瘤中过表达或沉默的关键基因。同时，RNA-seq也能识别编码区内的基因突变，尤其适用于高表达基因的变异筛查。RNA-seq的整合分析能直接关联突变与表达变化，揭示功能影响，并在单次检测中提供融合、剪接和表达等的多维信息，提升诊疗效率。
见康华美致力于提供精准的RNA-seq与MRD监测方案
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作者：王丽
参考文献：
Long Chen, Hong Zhang, Sasa Chai, Shaobin Yang, Jingya Yao, Xiaoju Hou, Xin Tian, Enbin Liu, Yani Lin, Kun Ru, Acute myeloid leukemia with 4q12 rearrangements involving CHIC2: “pitfalls” in fluorescence in situ hybridization diagnosis of PDGFRA rearrangements, American Journal of Clinical Pathology, Volume 166, Issue 2, August 2026, aqag084, https://doi.org/10.1093/ajcp/aqag084