转录组测序助力血液肿瘤精准诊断与MRD监测

        随着测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为血液肿瘤分子诊断与治疗监测的重要工具。近日，见康华美实验室报道了一例利用RNA-seq技术发现的新型CNTRL::FGFR1融合剪接变异体。

        原文链接：https://doi.org/10.1007/s12308-025-00670-6

病例介绍

        患者，35岁，男性，临床表现为白细胞显著增高、淋巴结肿大、肝脾肿大，骨髓及淋巴结中同时存在B淋巴母细胞、T淋巴母细胞及单核母细胞等多系细胞异常增殖。染色体核型分析发现 t(8;9)(p11;q33) 易位，经FISH验证存在FGFR1基因重排。

        染色体核型分析（左图）：46, XY, t (8;9)(p11;q33)；骨髓FISH（右图）：蓝色信号，8号染色体着丝粒；黄色信号，FGFR1基因；红色和绿色信号，FGFR1基因断裂产物

        为明确融合伴侣基因及其具体断裂位点，实验室利用RNA-seq技术，鉴定出一种新型CNTRL::FGFR1融合剪接变异体—CNTRL基因第38号外显子与FGFR1基因第11号外显子之间形成的框内融合。该融合基因保留了FGFR1的激酶结构域，导致FGFR1酪氨酸激酶组成型激活，驱动细胞增殖失控。最终，临床诊断为伴嗜酸性粒细胞增多和FGFR1重排的髓系/淋系肿瘤（MLN-FGFR1）。

        转录组测序结果显示，CNTRL基因的第38号外显子与FGFR1基因的第11号外显子发生融合

        CNTRL::FGFR1是MLN-FGFR1中一种极为罕见的融合亚型，其临床特征以扁桃体肥大和持续性单核细胞增多为主，且常规化疗效果不佳，提示预后不良。在FGFR1重排阳性病例中，不同融合亚型的临床与预后特征存在异质性，因此通过RNA-seq明确具体的融合基因型，对于准确评估预后和制定治疗策略具有重要指导价值。

        此外，基于融合基因的精准测序结果，可进一步建立患者个性化的监测方案，用于动态监测治疗后微小残留病灶（MRD），从而及时评估治疗反应、预警早期复发，并为调整维持或干预策略提供直接依据。

RNA-seq的核心优势

        全面筛查融合基因

        相比传统方法如FISH或PCR需预先设定目标，RNA-seq可一次性筛查所有可能的融合事件，大幅提升诊断效率。与DNA高通量测序相比，RNA-seq直接捕获表达后的融合转录本，避免DNA水平上因大量内含子区域或沉默融合导致的漏检，从而提高检测灵敏度和临床相关性，尤其适用于未知融合伙伴或复杂重排的发现。

        精确识别断裂位点助力MRD监测

        RNA-seq能精确解析融合基因的断裂位点与连接序列，基于此可设计特异性引物或探针，开发定量PCR监测方案，实现对微小残留病的高灵敏度追踪。

        分析可变剪接

        RNA-seq可进行可变剪接分析，能系统性识别异常剪接模式，发现新的剪接转录本。

        整合突变检测与表达分析的综合价值

        RNA-seq可检测基因表达水平，从而揭示血液肿瘤中过表达或沉默的关键基因。同时，RNA-seq也能识别编码区内的基因突变，尤其适用于高表达基因的变异筛查。RNA-seq的整合分析能直接关联突变与表达变化，揭示功能影响，并在单次检测中提供融合、剪接和表达等的多维信息，提升诊疗效率。

见康华美致力于提供精准的RNA-seq与MRD监测方案

        标本要求

        骨髓液/外周血：3-5 mL，EDTA抗凝(紫帽) / 枸酸钠抗凝(蓝帽)，2-8 ℃冷藏运输；石蜡切片：厚度5 μm，组织区域≥5*5 mm，数量≥10张，常温运输。

        参考文献：

        Feng, X., Bai, X., Zhang, H. et al. A novel splicing variant of CNTRL::FGFR1 in myeloid/lymphoid neoplasm with eosinophilia and rearrangement of FGFR1. J Hematopathol 18, 54 (2025).